Varios años después de lo acontecido en Bible Black, extraños sucesos vuelven a azotar en la escuela. Imari y su fiel ayudante son miembros de una división especial de investigación del cuerpo de policía. A la vez, Yamanishi, el protagonista de Bible Black original es policía corriente, aunque hace todo lo posible por investigar los extraños sucesos acontecidos últimamente en la escuela ya que se siente relacionado, desde el día en que el fantasma de Reika se les aparece en la azotea donde ha ocurrido un homicidio. Antiguos (Shiraki, hecha profesora, Takashi, convertida en monja...) y nuevos personajes dan forma a la esperada continuación de Bible Black. Donde, como no, la trama girará en torno a la Biblia Negra que otorga poder a quien la usa.